哥斯拉掉入三原山之后，日本過了5年平安的日子，但是自衛(wèi)隊為了以防萬一，打算以哥斯拉的細胞為成分制造對抗哥斯拉的武器"抗核細菌"(ANB)，以及將之前與哥斯拉對戰(zhàn)時被摧毀的超級武器"Super_X"改造成為"Super X2"，此時哥斯拉在三原山里居然又開始活動，使得日本關東地區(qū)地震不斷，并且使得白神博士將自己女兒細胞跟玫瑰細胞混合的植物死亡，于是白神博士便加入ANB計劃，同時他將哥斯拉細胞與女兒細胞跟玫瑰細胞混合的植物結(jié)合制造了不死植物碧奧蘭蒂，但是在一次的事件當中碧奧蘭蒂被釋放出來并且在蘆之湖巨大化。此時三原山爆炸，哥斯拉再度出現(xiàn)，自衛(wèi)隊無法阻擋哥斯拉 往東京方向移動，后來出動了"Super X2"使哥斯拉改變移動方向，但是在哥斯拉不間斷的攻擊之下"Super X2也敗下陣來，但是沒有想到哥斯拉此時卻朝著碧奧蘭蒂的所在地移動.....