特利迦奧特曼與黑暗巨人的戰(zhàn)斗結(jié)束數(shù)年之后，地球再次迎來了和平的年代?，F(xiàn)在已經(jīng)基本見不到怪獸的蹤影了，怪獸帶來的災(zāi)害影響也已經(jīng)漸漸地淡出了人們的視線。人類已經(jīng)開辟了火星移居地，并打算組建新的隊(duì)伍開辟第二個火星移居地。地球上的人類開始了探索宇宙的征程，現(xiàn)在進(jìn)入了新領(lǐng)域時(shí)代。結(jié)果，在探索的過程中，宇宙神秘生命體斯非亞突然出現(xiàn)在了主人公明日見奏大所在的小隊(duì)面前。斯菲亞對地球發(fā)起了侵略，并斷絕地球和宇宙的一切通訊，地球變成了孤島行星。奏大原本在宇宙港送貨，結(jié)果卻遇到了斯菲亞的襲擊。